Neben der unumstrittenen wissenschaftlich-kulturhistorischen Relevanz stellt das Hanghaus 2 auch eine große Herausforderung für Konservierung und Restaurierung dar. Während die bei der Entdeckung des Hanghauses 2 freigelegten Malereien noch abgenommen und in das Museum in Selçuk gebracht wurden, ging man bereits zu Beginn der Freilegungsarbeiten in den 70er und 80er Jahren des 20. Jahrhunderts aufgrund der Fülle an Schmuckoberflächen dazu über, diese an Ort und Stelle zu belassen. Trotz kontinuierlicher Sicherungsmaßnahmen war aufgrund der klimatischen Bedingungen ein Substanzverlust nicht zu vermeiden. Somit wurde bereits in den ersten Jahren der Grabung die Notwendigkeit eines Schutzdaches erkannt. Das erklärte Ziel war, ein Museum in der Ruinenstätte zu schaffen, die freigelegten Objekte in ihrem ursprünglichen Kontext auszustellen und den archäologischen Befund unmittelbar vor Ort erklären und präsentieren zu können.
Es sollte 38 Jahre, viele Diskussionen und Projektentwürfe dauern, bis der nunmehrige Schutzbau unter dem Motto »Ein Dach für Ephesos« mithilfe zahlreicher Großsponsoren, darunter besonders initiativ die Gesellschaft der Freunde von Ephesos, errichtet und das Monument der Öffentlichkeit präsentiert werden konnte. Ein sogenanntes Pflichtenheft definierte die Vorgaben für den Schutzbau, der sich deutlich in Konstruktion, Farbe und Materialwahl von den antiken Bauelementen des Hanghauses 2 unterscheiden, in seiner Erscheinung aber auch gegenüber der Ruine zurücktreten sollte. Ferner waren die Schutzfunktion gegenüber Witterungseinflüssen, die Reversibilität und die Demontierbarkeit unbedingte Voraussetzungen. Fehlern der Vergangenheit Rechnung tragend, wurde auf die klimatologischen Befundungen großer Wert gelegt.
So sollte mit dem Dachmaterial eine atmungsaktive, UV-Strahlung abweisende und beständige Haut über den Bau gespannt werden, die eine natürliche Belüftung ermöglichen würde. Das Ergebnis ist eine Edelstahlkonstruktion, die nur punktuell in die antike Substanz eingreift. Die lamellenförmigen Fassadenplatten aus Lexan, einem Polykarbonattyp, ermöglichen einen ständigen Luftaustausch und sind somit entscheidend für das ausgeglichene Klima im Innenraum. Die Dachflächen wurden mit einer textilen, glasfiberverstärkten Membran überspannt, deren Teflonbeschichtung Selbstreinigungskraft, hohe Festigkeit und lange Lebensdauer prognostiziert wurde.
Bewusst wurde auf eine Rekonstruktion antiker Bauelemente verzichtet, auch die Licht- und Wegeführung entspricht nicht der römischen Realität. Mithilfe eines Besucherleitsystems wurden vielmehr illusionistische Ein- und Überblicke geschaffen, die eine neue und unerwartete Wahrnehmung des zur Schau Gestellten erlauben. Seit 2006 ist das Hanghaus 2 für Besucher geöffnet und hat durchschnittlich rund 160 000 Besucher.